Aus der Erbauungszeit des Klosters im 13. Jahrhundert sind die Kirche mit ihrem hölzernen Dachstuhl (datiert 1293/94-1313/14), die angrenzende Sakristei (heute Lapidarium) sowie Fenster- und Türgewände im Nordflügel der Klausurgebäude erhalten geblieben.
Der größte Teil der Klausurgebäude ist aber einer Erweiterungsmaßnahme um 1490-1500 zuzurechnen. Aus dieser zweiten Bauphase stammen der Ost- und Westkreuzgang, der Kapitelsaal, die einstige Klosterküche (heute Ausstellung ?Historischer Buchbestand?) sowie die 1497 errichtete Klosterbibliothek (heute Münzkabinett). 1521 erhielt die Ostfassade der Klosterkirche ihren aus Blendarkaden bestehenden Ziergiebel.

Nach Auflösung des Klosters erfolgten Eingriffe in die Bausubstanz vor allem im Bereich der ehemaligen Klosterkirche sowie im Ostflügel, den die Saalfelder Schule nutzte. Für Schulzwecke wurde der gesamte Flügel 1722-1725 um ein 2. Obergeschoss sowie um ein Mansardgeschoss erweitert. Ein barockes Treppenhaus mit schweren Balustern verbindet seither alle Etagen.
Gleichzeitig erhielt die leer stehende Klosterkirche unterhalb des offenen Dachstuhls eine Barockdecke , geschmückt mit Stukkaturen und Fresken des Gothaer Hofmalers Johann Heinrich Ritter (1725).
Im Jahre 1855, während der Nutzung der Klosterkirche als Malzhaus, erfolgte in deren östlichem Bereich der Einbau eines Kreuzgratgewölbes für die Keimtenne. Durch diese Unterteilungen (Barockdecke und Gewölbe) entstand im Zentrum der ehemaligen Hallenkirche ein abgegrenzter, saalartiger Bereich. Hier wurde 1940-53 der heutige Festsaal eingerichtet.

Mit seiner historischen Bausubstanz stellt das Saalfelder Franziskanerkloster eines der wenigen, fast komplett erhaltenen mittelalterlichen Ensembles seiner Art dar und zählt zu den herausragendsten Baudenkmälern in Thüringen. Von 1990 bis 2003 wurde es vollständig saniert und in öffentliche Nutzung überführt. Für die hier vollbrachte Leistung erhielt die Stadt Saalfeld im Jahre 2000 den Thüringer Denkmalschutzpreis verliehen. Mit dem Stadtmuseum Saalfeld beherbergt das einstige Kloster heute eines der größten kulturgeschichtlichen Museen des Freistaates.